Konflikt o Papuę Zachodnią tli się od wielu lat, choć jest niemal niezauważony przez zachodnią opinię publiczną. Tymczasem Indonezja swoją zaborczą polityką tłamsi każdy przejaw niepodległościowych ambicji Papuasów.
Po odzyskaniu niepodległości przez Indonezję w 1945 roku oraz krótkiemu konfliktowi z Holandią o zachodnią część wyspy Nowa Gwinea w latach 1862-1863, kraj ten stał się lokalną, wieloetniczną potęgą militarno-ekonomiczno-kulturową. Ze stolicy w Dżakarcie władze tego unitarnego państwa, położonego w Azji Południowo-Wschodniej oraz w Oceanii rządzą ponad 275-milionową populacją rozsianą na ponad 17 000 wysp (Jawę – największą z nich zamieszkuje ponad połowa ludności kraju) i wysepek.
Indonezyjska ekspansja początkowo wywołała międzynarodowe oburzenie, ale amerykański dyplomata Ellsworth Bunker i administracja Kennedy’ego naciskali na Holendrów, by zaakceptowali wynegocjowaną przez USA ugodę. Umowa wzywała Holendrów do formalnego przekazania terytorium Nowej Gwinei w październiku 1962 roku tymczasowej administracji ONZ, która następnie miała przekazać je Indonezji 1 maja 1963 roku. Następnie, pod koniec 1969 roku, ponad sześć lat później, Papuasi mieli otrzymać swoją szansę w ramach nadzorowanego przez ONZ Aktu Wolnego Wyboru na podjęcie decyzji, czy chcą pozostać pod rządami Indonezji. Nie skonsultowano się z Papuasami ani w żaden inny sposób nie zaangażowano ich w tworzenie tego planu.
Referendum popierane przez ONZ i Stany Zjednoczone do dzisiaj wywołuje kontrowersje. Holendrzy przed swoim wycofaniem się z wyspy obiecywali jej mieszkańcom proces, który miał doprowadzić do niepodległości wyspy. Holendrzy zaczęli przygotowywać Nową Gwineę Zachodnią do uzyskania niepodległości (jeszcze w 1957 roku Australia i Holandia doszły do wniosku, że najlepiej będzie połączyć obie części wyspy w jeden organizm – sprzeciwiły się temu Stany Zjednoczone), rezerwując połowę miejsc w radzie legislacyjnej kolonii dla przedstawicieli rdzennej ludności i zachęcając do zaprojektowania flagi narodowej.
W plebiscycie z 1969 roku, który dziś w Papui jest powszechnie uważany za oszustwo 1026 elektorów, w dużej mierze ręcznie wybranych przez Dżakartę i stanowiących wówczas znacznie mniej niż 1 procent populacji Papuasów, zagłosowało jednogłośnie za przyłączeniem do Indonezji wśród powszechnego zastraszania i terroru. Wydarzenia te są obecnie szeroko przytaczane przez papuaskich aktywistów, którzy twierdzą, że indonezyjskie rządy są bezprawne.
W ciągu trzech dekad indonezyjskich rządów po Akcie Wolnego Wyboru małe grupy partyzantów OPM (Ruchu Wolnej Papui) nadal przeprowadzały ataki na indonezyjskie oddziały. W odpowiedzi indonezyjskie wojsko dokonywało łapanek Papuasów w często brutalnych kampaniach, które nie rozróżniały bojowników od cywilów. Partyzanci nigdy nie przeprowadzali ataków na dużą skalę i nigdy nie połączyli się w zjednoczony i zorganizowany front, jednak ich obecność przez długi czas była wykorzystywana przez indonezyjskie władze wojskowe i policyjne do uzasadnienia dużej obecności sił bezpieczeństwa w Papui oraz okresowych operacji wojskowych i policyjnych. Aktywność partyzantów w latach 70. doprowadziła do poważnych indonezyjskich operacji wojskowych na wyżynach Jayawijaya w latach 1977-78, których wynik do dzisiaj jest nieznany. To także w tym okresie zaczął się zorganizowany zbrojny opór przeciwko Indonezyjczykom – OPM detonowało materiały wybuchowe, niszczyło rurociągi i magazyny firmy wydobywczej Freeport Indonesia.
Przez większą część rządów prezydenta Indonezji Mohameda Suharto (1921-2008) sama nazwa Papua była zakazana, podobnie jak wiele form kulturowego wyrażania siebie. Jednym z naruszeń praw człowieka, które zapisało się w świadomości Papuasów, było zabicie przez indonezyjskie siły specjalne Kopassus w 1984 roku antropologa Arnolda Apa (1946-1984) oraz muzyka Eddie’go Mofu. Ap założył zespół muzyczny Mambesak mający na celu ożywienie tradycyjnej muzyki, bronił papuaskiej samoekspresji kulturowej i prowadził popularny program radiowy, w którym często krytykował indonezyjską politykę w prowincji. Jego zabójstwo było częścią masowej kampanii odwetowej sił indonezyjskich przeciwko powstaniu niepodległościowemu w Jayapura; kampania przyczyniła się do dużego exodusu uchodźców do Papui Nowej Gwinei, gdzie niektórzy nadal pozostają.
W 1984 roku OPM przeprowadził atak na Jayapurę, stolicę prowincji i miasto zdominowane przez Indonezyjczyków spoza Melanezji. Atak został szybko odparty przez indonezyjskie wojsko, które następnie podjęło szersze działania kontrrewolucyjne.
Jedną z większych akcji wymierzonych przeciwko Papuasom był trwający blisko dwa lata odwet w dystrykcie Mapnduma. OPM w 1996 roku wziął na zakładników grupę młodych indonezyjskich i zagranicznych naukowców (2 z nich zginęło), a siły indonezyjskie odbiły ich, a w ramach odwetu niszczyły wioski i przesiedlali mieszkańców. W 1998 roku podczas wiecu niepodległościowego w Biak policja indonezyjska otworzyła ogień do cywilów, zabijając kilku z nich.
Rdzenni Papuasi, zarówno górale, jak i przybrzeżni Melanezyjczycy, mają ciemniejszą skórę niż dominujący liczebnie i politycznie Jawajczycy i członkowie większości innych grup etnicznych w Indonezji, i byli przedmiotem dyskryminacji etnicznej i rasowej. Podczas gdy rządy Indonezji przyniosły bezprecedensowy rozwój gospodarczy, spowodowały również napływ imigrantów z innych części Indonezji i wywołały niechęć wśród Papuasów, ponieważ korzyści trafiły nieproporcjonalnie do zagranicznych inwestorów i tych imigrantów. Kiedy Suharto został odsunięty od władzy w maju 1998 roku, wiele z tych długo tłumionych nastrojów mogło zostać po raz pierwszy upublicznionych.
Kiedy prezydent Jusuf Habibie przejął władzę po ustąpieniu Suharto, początkowo starał się uznać i przeprosić za naruszenia praw człowieka popełnione przez jego poprzednika. Jednak gotowości nowej administracji do ogólnego uznania nadużyć z przeszłości nie towarzyszyły konkretne środki mające na celu zapewnienie sprawiedliwości lub zadośćuczynienia ofiarom. W międzyczasie narastały żądania niezależności.
W latach 1998-1999 Dżakarta stonowała trochę politykę wobec Papuasów, ale gdy 26 lutego 1999 roku papuaska delegacja przedstawiła politykom indonezyjskim pomysł uzyskania przez Zachodnia Papuę niepodległości, niemal od razu ponownie zaczęły się prześladowania. Do rangi symbolu urosło wywieszanie flagi z Gwiazdą Poranną, co przez władze indonezyjskie postrzegane było jako zdrada i często groziło konsekwencjami.
W październiku 1999 roku po pierwszych prawdziwie demokratycznych wyborach od ponad trzydziestu lat, nowy rząd objął urząd w Indonezji pod przewodnictwem prezydenta Abdurrahmana Wahida (1940-2009) i szybko zainicjował szereg reform. Otwarcie przyznając się do błędów przeszłości, nowa administracja szybko podjęła kroki w celu uwolnienia więźniów politycznych, zapewnienia większej wolności i umożliwienia otwartego, pokojowego wyrażania poglądów niepodległościowych.
Mimo to 2 grudnia 1999 roku policja i demonstranci starli się gwałtownie podczas podnoszenia flagi w Timice. Sześć osób zostało postrzelonych przez policję, a dziesiątki zostało doznało obrażeń ciała. 31 grudnia 1999 roku, podczas spotkania z przywódcami lokalnych społeczności w Jayapura, prezydent Wahid zapewnił ich, że podnoszenie flag i inne pokojowe wyrażanie poglądów niepodległościowych będzie uważane za chronione akty wolności słowa. Jednocześnie Wahid jednoznacznie stwierdził, że rząd Indonezji nie jest przygotowany na przystanie na papuaskie żądania niepodległości.
Prezydent Indonezji zgodził się również wykorzystać fundusze państwowe do sfinansowania kongresu papuaskiego, na którym po raz pierwszy przedstawiciele ludności papuaskiej mogli zebrać się razem, aby przedstawić swoje obawy. Kongres został poprzedzony dużym spotkaniem Papuasów z całej prowincji w dniach 23-26 lutego 2000 roku, zwanym Wielkimi Konsultacjami (Musyawarah Besar lub potocznie Mubes). Samo Mubes było dużym przedsięwzięciem, które zgromadziło około czterystu przedstawicieli, głównie regionalnych, a także przedstawicieli partyzantów i Papuasów mieszkających za granicą. Indonezyjscy urzędnicy wzięli w nim udział jako obserwatorzy.
Po Mubes odbył się kongres papuaski w dniach 29 maja – 4 czerwca 2000 roku w stolicy prowincji Jayapurze. Pod wieloma względami było to niezwykłe wydarzenie. Tysiące Papuasów przybyło do stolicy ze wszystkich zakątków prowincji, w tym około 500 jako oficjalni delegaci i wielu innych jako zwolennicy. Prezydent Wahid oświadczył następnie publicznie, że chociaż jego rząd pomógł sfinansować to wydarzenie, nie uznał kongresu, ponieważ nie reprezentował on wszystkich sektorów społeczeństwa w Irianie.
Papuaskie grupy młodzieżowe zwane Satgas Papua, które początkowo powstały w rejonie Jayapura, aby zapewnić bezpieczeństwo Mubes i kongresowi, rozprzestrzeniły się na miasta w całej prowincji. W wielu przypadkach jednostki Satgas Papua służyły jako ujście dla wyrażania papuaskiej dumy; w innych jednak członkowie zwrócili się w stronę gangsterstwa, zastraszania i wymuszeń, często atakując małe firmy prowadzone przez migrantów.
W 2012 roku doszło do zwielokrotnienia akcji zbrojnych OPM. Zabito przy tym wielu cywili podejrzewanych o współpracę z rządem Indonezji. Przeprowadzano ataki na posterunki armii i policji, a nawet na samoloty.
Od 2018 roku papuaska Armia Wyzwolenia wypowiedziała wojnę indonezyjskiemu państwu. W prowincjach Puncak Jaya, Nduga, Timika i Lanny Jaya doszło do serii śmiertelnych strzelanin. Wielu mieszkańców wyspy, szczególnie z rejonów wnętrza kraju musiało pozostawić swe domy i uciec. Indonezyjskie wojsko oraz policja prowadzili akcje odwetowe. Tylko w regionie Puncak Jaya w październiku 2018 roku 7 Papuasów zginęło zabitych przez indonezyjskie wojsko. Nieufność i strach doprowadziły do śmierci wielu bezbronnych po obu stronach barykady.
W dniu 26 kwietnia 2018 roku polski sympatyk OPM Jakub Skrzypski został aresztowany w Wamenie wraz z czterema Papuasami, których policja określiła jako powiązanych z uzbrojonymi grupami przestępczymi i został oskarżony o zdradę stanu. Później został skazany na siedem lat więzienia.
Jeden z oficerów indonezyjskiej armii, tłumaczył pod koniec 2018 roku: W ciągu ostatnich kilku miesięcy zabili trzech cywilów, zranili młodego chłopca nożem, zabili taksówkarza w Ilaga, zestrzelili cywilny samolot i zabili dwóch żołnierzy w Mulia. W dniu 1 grudnia 2018 roku uzbrojona grupa powiązana z OPM porwała 25 cywilnych pracowników budowlanych w regencji Nduga w Papui. Następnego dnia grupa zabiła 19 robotników i żołnierza.
Pomiędzy 2018 a 2019 rokiem w Wamenie i innych miejscowościach wybuchły antyrządowe zamieszki, a w górach – walki z partyzantami. Protestujący podpalili więzienie w mieście Sorong, z którego uciekło ponad 250 skazańców, kilkanaście tysięcy cywilów trzeba było ewakuować z domów. Ostatecznie siły bezpieczeństwa brutalnie stłumiły demonstracje, w wyniku czego zginęło – jak podała Międzynarodowa Koalicja na rzecz Papui (ICP) – blisko sześćdziesiąt osób.
Nowa fala protestów rozpoczęła się 19 sierpnia 2019 roku i była odpowiedzią na aresztowanie 43 papuaskich studentów w Surabaya na Jawie Wschodniej za rzekomy brak szacunku dla indonezyjskiej flagi. W wielu protestach wzięły udział tysiące uczestników. W kilku miejscach protesty przerodziły się w ogólne zamieszki, które doprowadziły do zniszczenia budynków rządowych w Wamena, Sorong i Jayapura. Starcia między protestującymi a kontrprotestującymi i policją spowodowały obrażenia, a ponad 31 osób zginęło po obu stronach zarówno w wyniku starć, jak i zamieszek.
W dniu 25 kwietnia 2021 roku generał sił specjalnych I Gusti Putu Danny Karya Nugraha, szef papuaskiej agencji wywiadowczej, zginął, gdy został postrzelony w głowę podczas zasadzki na ciężko uzbrojony konwój wojskowy. OPM zaczął atakować cudzoziemskich i brać zakładników oraz po części wyraził poparcie dla rosyjskiej inwazji na Ukrainę. W dniu 3 kwietnia 2023 roku czterech indonezyjskich żołnierzy zginęło, a kolejnych pięciu odniosło rany postrzałowe w jednym z ataków.
